Va néixer el 2 de novembre de 1734, prop de Reading (Pennsilvània). Fill de colons quàquers anglesos, amb prou feines va anar a escola, però sabia llegir i escriure.
L’any 1753 es va establir al costat de la seva família prop del riu Yadkin, en el que avui és Carolina del Nord. El 14 d’agost de 1755, Daniel es va casar amb Rebecca Bryan, amb qui va tenir deu fills. Daniel Boone va ser un hábil cazador i trampero. Va servir amb les forces del general britànic Edward Braddock durant la Guerra Francesa i Índia. Des de 1767 va explorar les terres situades al costat del riu Kentucky. Entre 1769 i 1771, la part oriental d’aquesta zona, seguint una sendera que creuava el congost de Cumberland (un pas de les muntanyes Apalatxes) juntament amb altres cinc companys. En 1775, va construir un fort en un lloc que es va dir Boonesboro i va obrir una ruta perquè els nous colons poguessin accedir fins allà.
Durant la guerra de la Independència nord-americana, Boonesboro va sofrir atacs dels indis i en 1778 Boone va ser capturat encara que va aconseguir escapar cinc mesos després. A inicis de la dècada de 1780, va ser obligat a renunciar a les seves terres de Boonesboro a causa de la nul·litat dels seus títols, per la qual cosa es va traslladar a l’estació de Boone (Kentucky). Des de 1788 fins a 1798, va residir en Point Pleasant (actualment Virginia Occidental).
Cap a 1799 es trasllada a Saint Louis (avui Missouri) on va viure fins a la seva defunció el dia 26 de setembre de 1820 després d’una curta malaltia.
